В октябре 1998 г. с конвейера сошёл Pajero Mini 2 поколения. Экстерьер модели особых изменений не претерпел, лишь немного увеличились внешние габаритные размеры: длина и ширина увеличились на 100 и 80 мм соответственно, что положительным образом отразилось на внутреннем пространстве салона.
Сначала Паджеро Мини выпускался только в полноприводном варианте (Easy Select 4WD), несколько позже к нему был добавлен заднеприводный. Передняя подвеска представлена амортизаторными стойками, а задняя – 5 рычагами. Такие конструкционные изменения позволили автомобилю увереннее держать дорогу. Двигатели, отлично себя зарекомендовавшие в Pajero Mini 1 поколения, остались те же.
В 2005 г. японский концерн незначительно модернизировал Mini. Изменения коснулись оформления пассажирского салона, а снаружи автомобиль получил новую решётку радиатора и задний бампер с повторителями фар.
